たまたま黒のクレヨンを使うのが習慣になっているだけではないでしょうか。
保護者がほかの色を使うように促してもいいですが、気にすることはないでしょう。
子どもによっては、クレヨンで描くより、箱への出し入れを楽しんだり、並べて遊ぶ子もいます。子どもなりに自分で好きな遊びを見つけているのでしょう。